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Visualisation à distance

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Service de visualisation des données à distance permettant les pré et post-traitements au moyen de logiciels graphiques.

Description du service

  • un serveur IBM dx360 M4, 2 processeurs ivy-bridge, 20 cœurs, 256Go de mémoire, 2 cartes Quadro 5000

Mode de fonctionnement

La visualisation s'effectue en 2 temps :
  1. sur l'une des frontales d'Antares, soumission d'une demande de ressources de visualisation;
  2. sur votre poste de travail, connexion dans la session de visualisation.
Pré-requis : Installez le client TurboVNC sur votre poste local (http://www.turbovnc.org/).

Description des étapes

  • (1) : La soumission est similaire à l'exécution d'un calcul (commande llsubmit). Un script de soumission spécifique est utilisé (Modèle : /soft/loadl/crihan_modeles_scripts/job_Visu.ll) Recopiez-le chez vous et adaptez-le à votre besoin. L'entête du script reprend les paramètres standards (durée du calcul, nombre de cœurs, mémoire, email). Le corps du script automatise le lancement du serveur de visualisation (activate_vnc), génère un mot de passe et envoie les informations de connexion à l'adresse email donné en argument. Il n'y a pas de commande utilisateur ou de programme à rajouter dans cette partie.
  • (2) : Exécutez TurboVNC et connectez-vous au serveur indiqué dans le mail envoyé par la soumission du calcul de Visu. Attention à bien indiquer le :port après le nom du serveur. Utilisez le mot de passe également présent dans ce mail. Une fenêtre graphique doit s'ouvrir et afficher un Bureau Gnome. Une application Terminal est accessible dans le menu 'Applications/Outils Système'. A partir de cette fenêtre, vous pouvez exécuter les logiciels graphiques. Certains logiciels sont décrits ci-dessous.
  • Fin de session : la session de visualisation a cours pour la durée définie par le wall clock limit donné dans le script de soumission. Le modèle de script demande 1h. Cette valeur peut être augmentée à 4h. Dans ce cas, adaptez la commande "sleep" en fin de script afin de conserver le calcul actif jusqu'à sa fin. Tant que la session serveur est active, vous pouvez vous connecter autant de fois que vous souhaitez avec le client TurboVNC. A l’issue de la session, les processus fils sont tués.
  • Particularité OpenGL : certains logiciels graphiques utilisent les librairies GL. Dans ce cas, dans la ligne de lancement, il faut rajouter "vglrun".
  • Exemple : vglrun paraview

Environnement de connexion

  • Lors d'une connexion SSH sur les frontales, l'environnement de connexion est enrichi par le contenu du fichier utilisateur ~/.bash_profile.
  • Lors de l'ouverture d'une fenêtre graphique, il ne s'agit pas d'un environnement "de connexion", ~/.bash_profile n'est pas pris en compte. C'est le fichier ~/.bashrc qui est utilisé, s'il existe.
  • Si votre dossier d'accueil ne contient pas de fichier .bashrc, recopiez celui présent dans /etc/skel d'une des frontales. Si .bashrc existe, rajouter le contenu de /etc/skel/.bashrc à votre fichier : cat /etc/skel/.bashrc >> ~/.bashrc
    (/!\ il y a bien 2 chevrons > collés).
  • Ouvrir une nouvelle fenêtre pour obtenir l'environnement mis à jour.
  • Erreur typique si ~/.bashrc est absent : mpirun: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory.

Filtrage

  • Le service étant basé sur TurboVNC, les ports 5901-5920 en tcp doivent être ouverts vers le serveur de visualisation (an463-c.crihan.fr).

Limites de la classe "visu"

La file d'attente correspondant à la visualisation à distance est la classe "visu" dont voici les limites :
  • Durée max : 6h
  • Nombre de cœurs max par job : 8
  • Nombre de cœurs max par utilisateur : 9
  • Nombre de job max par utilisateur : 2
  • Quantité de mémoire max par job : 128Go

Personnalisation du VNC

Par défaut la fenêtre TurboVNC est paramétrée avec une résolution 1240x900 et une profondeur de 24. Pour personnaliser ces valeurs, vous pouvez créer et modifier le fichier ~/.vnc/turbovncserver.conf pris en compte lors du lancement du serveur TurboVNC.

    Exemple :
    $ more ~/.vnc/turbovncserver.conf
    $geometry = "1920x1080"


(ne pas oublier le $ devant le mot clé geometry)

Les logiciels

Tous les logiciels graphiques peuvent être utilisés lors des sessions de visualisation.
Vous trouverez ci-dessous les plus classiques, mais la liste n'est pas exhaustive. Si vous souhaitez l'installation d'un autre logiciel, merci de prendre contact avec notre équipe technique.

ParaView 4.1.0

A partir de votre session graphique :
  • Ouvrir un terminal et charger l'environnement pour paraview : module load paraview/4.1.0_Parallel
  • Lancer l'interface graphique : vglrun paraview
  • Ce mode correspond à une utilisation séquentielle de Paraview. Si ce mode vous convient, utilisez ParaView ainsi.

Pour une utilisation parallèle, réalisez deux étapes supplémentaires, en soumettant un deuxième calcul en batch qui exécute "pvserver" et en le connectant à votre client Paraview :
  • Soumettre un deuxième calcul exécutant ParaView server (pvserver) (Modèle : /soft/loadl/crihan_modeles_scripts/job_Visu_Pvserver.ll). Le script contient 2 lignes de commandes utilisateur :
    module load paraview/4.1.0_Parallel_Mesa
    mpirun.Ompi pvserver -sp=11112 --use-offscreen-rendering
  • Rmq : "-sp" désigne le numéro de port. Vous pouvez les modifier.
  • Une fois ce calcul actif, consultez llq afin de connaitre le serveur maitre du calcul..
  • Dernière étape : connectez votre interface ParaView au pvserver :
    • Dans la session graphique, dans l'interface Paraview, Menu "File/Connect"
    • Ajouter un serveur "Add Server", spécifiez le type "Client/Server", Host = le serveur hébergeant le deuxième calcul ainsi qu'un numéro de port du pvserver (dans l'exemple : 11112). Valider: "Configure"
    • Choisir le Startup Type = "Manuel". Valider : "Save"
    • Effectuez la connexion : "Connect"
  • Le mode parallèle est activé. Utilisez ParaView normalement.
  • Rmq : le deuxième calcul peut s'exécuter sur le serveur de visualisation ou sur les nœuds de calcul du calculateur. Dans le premier cas, vous serez limité à 8 cœurs, dans le deuxième cas, ce sont les limitations classiques des files d'attente. Adaptez le nombre de cœur demandé à la charge du calculateur. Si vous demandez trop de cœurs, votre calcul risque de rester en attente. Ce mode ce visualisation fonctionne seulement si les 2 calculs sont actifs en même temps...

Visit 2.7.1

A partir de votre session graphique :
  • Ouvrir un terminal et charger l'environnement pour Visit : module load visit/2.7.1_Parallel
  • Lancer Visit : vglrun visit

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